La historia del colegio El Salitre se remonta al año 1904, cuando la zona estaba conformada por grandes haciendas, como La Conejera, San José, Las Mercedes, Casa blanca y San Hilario (donde se explotaba carbón), entre otras. La mayor parte de la población se dedicaba a actividades de índole agropecuario y a la cría de ganado vacuno.

En estas haciendas habitaban grupos familiares conformados por mayordomos y arrendatarios, cuyos hijos requerían de un servicio de formación educativa. Pensando en estos niños, se creó la Escuela El Salitre, que acogió las nuevas generaciones del vecindario, con el propósito de ofrecer una educación fundamentada en la formación de valores, el conocimiento y el amor a la naturaleza. La palabra Salitre significa sal de nitrógeno y potasio que se forma en el suelo por la descomposición de materias animales y vegetales, tierras que no producen buena cosecha.

El Colegio El Salitre Suba en su calidad de ente educativa distrital, inicia su historia con la fusión de dos Instituciones de la localidad en el año 2005: La institución educativa San Carlos, ubicada en la calle 153# 100- 44 donde se prestaba un servicio educativo del grado cero al grado 5◦ de la Básica Primaria, y el colegio El Salitre, ubicado en la calle 163 # 92-96 vía Cota, que estaba organizado de los grados cero a once. Esta fusión tuvo como objetivo lograr la prestación del servicio educativo de acuerdo con las exigencias que el ministerio exigía en su momento, siendo el Salitre la identidad que se mantuvo y donde en la actualidad se cuenta con 3 Sedes, la más reciente ubicada en la carrera 92 # 152a-52, en el barrio El Pinar.